В ХIХ в. расширилась география музейного дела в России – музеи появились и в Сибири: Иркутск (1782), Барнаул (1823). Большую роль в развитии музейного дела в Сибири сыграло Императорское Русское Географическое общество (1845) и его филиалы: Восточно-Сибирский в Иркутске (1851), Западно-Сибирский в Омске (1877) и их отделы, подотделы в других городах Сибири. При филиалах и их отделах, как правило, создавались музеи.
Реформы 1860-х гг. также стимулировали появление музеев в Сибири: Тобольский (1870), Минусинский (1877), Омский (1878), Енисейский (1883), Красноярский (1889), Якутский (1891), Владивостокский (1892), Тюменский (1892), Хабаровский (1902), Кяхтинский (1902). Известный русский публицист, исследователь Сибири, археолог и этнограф Н.М.Ядринцев неоднократно обращал внимание общественности на роль краеведческих музеев в просвещении и особенно в воспитании патриотизма, любви к родному краю: «Они [музеи] соединяют общество и образованных людей.. Они указывают обществу высший научный интерес, отвлекая это общество от дрязг… они соединяют людей бескорыстно, во имя идеи, облагораживающей натуру и создающей высшую цель жизни».
Краеведческий музей сыграл важную роль в развитии культурного потенциала Красноярского края. Его коллекции послужили основой для создания новых культурных объектов: Государственная универсальная научная библиотека (1935), Музей – усадьба В.И. Сурикова (1948), Художественный музей имени В.И. Сурикова (1957). Часть коллекций музей передал в Пушкинский Дом (1928), Зоологический музей АН СССР (Ленинград, 1934), Тувинский музей (1941).
Во второй половине ХХ в. музейная сеть Красноярского края была самой крупной в Сибири. Красноярский музей не раз становился местом проведения совещаний музеев Сибири и Дальнего Востока (1941, 1950, 1956, 1981, 1983). В 1980-1985 годы музей являлся головным зональным музеем в Восточной Сибири.
Музей сыграл решающую роль в развитии музейной сети края, являясь научно–методическим центром с 1977 г. Многие музеи края создавались при участии сотрудников краевого музея, в т.ч. такие крупные музеи, как Государственный историко-этнографический музей-заповедник «Шушенское», Красноярский культурно-исторический музейный комплекс.
