Публичная библиотека городского музея создана одновременно с ним и в его составе в 1889 г. Первые годы развивалась крайне медленно. В 1903 г. ее объединили с библиотекой Красноярского подотдела Восточно-Сибирского отдела Русского географического общества. Библиотека стала постоянно пополняться книгами и журналами (в том числе зарубежными) строго научного характера, пользовались ею только члены общества.
В 1920 г., после восстановления власти Советов в Енисейской губернии, был образован Енисейский губернский отдел народного образования. В его ведение вошел и городской музей, ставший губернским – музеем Приенисейского края. Особой вехой в истории развития библиотеки музея стал 1921 г., когда в ее фонды был включен весь книжный фонд Центрального хранилища Енисейской губернии, созданного в 1920 г., - это книжные собрания губернской земской управы, Красноярской духовной семинарии, епархиального училища и других. В 1920-е годы библиотека музея пополнилась коллекцией Г.В. Юдина, известного библиофила. Библиотека стала хранилищем богатейшего собрания книг. К 1923 г. в ней насчитывалось до 80 тысяч томов, в том числе 12 тысяч редких книг.
В ноябре 1921 г. было разработано Положение о библиотеке музея. Оно определило основные принципы комплектования, хранения, систематизации, использования книжного фонда, управления и административно-хозяйственного обслуживания.
В 1935 г. на базе книжного фонда библиотеки музея была создана краевая библиотека (в нее было передано 140000 книг). В 1937 г. музейная библиотека пополнилась в связи с ликвидацией Красноярского общества краеведения, библиотека которого была передана музею (27 тысяч книг, небольшой фонд рукописей и 397 карт). Шел активный обмен книгами с научными учреждениями и организациями страны; через Всесоюзное общество культурных связей с заграницей производился обмен с Нью-Йорком, Парижем, Будапештом, Франкфуртом-на-Майне, Прагой, Филадельфией (1937-1939). В фонде библиотеки появилось много изданий на английском, немецком, французском языках.
Дарение – один из важных источников пополнения книжного фонда библиотеки музея.
В 1942 г. поступило ценное собрание по фольклору из библиотеки М.В. Красноженовой; в 1940-60-е - от М.М. Ильина, доктора биологических наук, Б.О. Долгих, доктора исторических наук, Р.В. Николаева, археолога, А.Л. Яворского, краеведа, и многих других. В конце 1980-х в фонд библиотеки поступает 14711 томов из личного собрания книг И.М. Кузнецова, врача, библиофила, краеведа, человека колоссальной эрудиции. «Только книги делают мою жизнь радостной, и нет печали об уходящих годах... Книга – та духовная пища, которая делает меня бодрым, жизнерадостным и счастливым».
С историей библиотеки неразрывно связана деятельность М.Д. Соловьевой (1890-1963), проработавшей в штате музея 35 лет. Ее помнят как высококвалифицированного специалиста, умеющего дать советы и рекомендации по любому вопросу.
1135 томов подарил библиотеке С.Н. Мизенин (1949-2008), научный сотрудник Красноярского краевого краеведческого музея. Эрудит, «ходячая энциклопедия», библиофага. Его книги позволили сохранить библиотеке научный потенциал в трудные 1990-е и в начале XXI в. Светлая память о нашем коллеге, бессребреннике, редком ценителе книг навсегда останется в наших сердцах.
В 1979 году в соответствии с приказом Министерства культуры РСФСР от 06.04.1979 г. «Об улучшении сохранности и использования книжных фондов рукописей и архивных материалов библиотек и музеев РСФСР» из библиотеки музея был выделен фонд редкой книги и передан в отдел фондов музея: 1000 книг, 60 карт, около 700 рукописей и комплектов газет.
В настоящее время фонд научной библиотеки составляет 64681 книги. Библиотека доступна для сотрудников музеев, ученых, краеведов, студентов и учащихся. Она является важнейшей составляющей в информационной системе музея. Сотрудники библиотеки Т.В. Благодатова и И.И. Кузнецова достойно продолжают лучшие традиции своих коллег, бережно сохраняя книжное наследие нашего региона.
