Музей расположен в здании, построенном по проекту известного красноярского архитектора-художника Л.А.Чернышева.
Талантливые постройки Мастера навечно остались в каменной летописи Красноярска. Леонид Александрович отдал дань уважения увлечениям начала века – стилю модерн, мотивам восточных цивилизаций. Любимым детищем Чернышева стал городской музей. В нём воплотился его огромный интерес к древней культуре Египта. Здание музея явилось наиболее полной и цельной стилизацией на египетскую тему. Но мечта о поездке в Египет так и не осуществилась.
Городской строительный комитет, рассмотрев конкурсные работы, отдал предпочтение Чернышеву. Свой проект и контроль за строительством здания Леонид Александрович предложил как дар родному городу. Он любил город и мечтал о красивой набережной Енисея с большой мраморной лестницей, ведущей к саду и площади перед будущим университетом, о строительстве и открытии картинной галереи.
А. Шнейдер: «Сейчас для того, чтобы не захиреть и не стать бесполезным, музей нуждается в специальном здании, приспособленном для его научных и общественных целей - и в этом здании мы не можем ему отказать уже потому только, что отказом своим мы должны были бы, с одной стороны, свести на нет всю работу предшествующих нам поколений, а с другой – лишить последующие поколения того, что было передано нам предыдущими…И когда в воображении моем встает осуществленный соединенными силами населения проект задуманного музея, стоящий на набережной, отражающийся в светлых струях холодного Енисея, - мне вспоминаются три пирамиды Хеопса, Хефрена и Микерина, встающие перед глазами путешественников, у берегов светлого Нила…» («Музей и общество». Красноярск, 1914).
В музее и музейном здании воплотились гражданские инициативы красноярского общества. Здание музея напоминает нам о единстве мирового культурного пространства, символизирует «встречу» столь отдалённых, на первый взгляд, культур Сибири и Древнего Египта. Оно стало своеобразным памятником Мастеру, явившему пример Подвижничества и Бескорыстия.
А.В.Луначарский: «Здание музея странно высится .. построенное в египетском стиле и украшенное египетским фигурным орнаментом. Почему на берег Енисея перенесено здание с берегов Нила? Правда, кажется, что этот музей-храм немножко зябнет у сварливых льдов седого Енисея, но, в общем, он все-таки красив… и в нём со временем разместятся великолепные коллекции…». (1929)
В 1920 г. в недостроенном музее, где временно располагался госпиталь, случился пожар. Здание было восстановлено в 1927-29 гг. под руководством Л.А. Чернышева.
Только в 1930 г. в нем разместится музей.
В 1987 – 2001 годы здание находилось на реконструкции.
Здание музея является памятником архитектуры начала ХХ в. (регионального значения).
