Научные традиции продолжает нынешнее поколение музеян, среди них следует отметить учёных Н.П. Макарова, В.И. Привалихина, Н.В. Мартыновича. Археологические исследования, реконструирующие древнюю историю региона на протяжении нескольких тысячелетий, являются предметом особой гордости музея. Археологи музея поддерживают международные научные связи, вносят весомый вклад в развитие сибирской археологии. В 1990-е годы В.И Привалихин открыл новую археологическую культуру (цэпаньскую) раннего железного века в Северном Приангарье. Из научных проектов последних лет особо следует отметить сотрудничество с Абердинским университетом (Шотландия, Великобритания), Институтом археологии и этнографии СО РАН. Важным событием в 2001 г. стало участие музея в уникальном научном открытии – обнаружении остатков динозавров, крокодилов и ископаемых черепах юрского периода на территории Шарыповского района Красноярского края. Во всем мире такие находки исключительно редки.
Новая экспозиция музея - коллективный результат научно-исследовательской деятельности музеян - была представлена профессиональному сообществу на ХIХ-ой Генеральной конференции ИКОМ (Барселона, Испания, 2001), международной конференции «Музей и общество» (Красноярск, 2002), международной конференции ИКОМ и ЕМФ «Лучшее в сфере наследия» (Дубровник, Хорватия, 2002); Международном научном семинаре «Исторические экспозиции региональных музеев в постсоциалистический период» (Тверь, 2003) и т.д.
Сегодня среди научных сотрудников музея - 7 заслуженных работников культуры РФ, 5 кандидатов наук, 1 аспирант. Большая часть научных сотрудников награждена знаком «За высокие достижения», почетными грамотами. Впервые в новейшей истории музея наши сотрудники стажировались за границей: Макаров Н.П. (Великобритания, 2004), Гаврилова Н.Ф. (Франция, 2004-2005), Детлова Е.В. (Германия, Австрия, 2007).
Большой вклад в развитие научных традиций музея вносят:
Макаров Николай Поликарпович, зав. отделом археологии и этнографии, кандидат исторических наук (1993), заслуженный работник культуры РФ (2003);
Привалихин Василий Иванович, ведущий научный сотрудник отдела фондов, кандидат исторических наук ( 1994);
Мартынович Николай Васильевич, зав. информационным отделом, кандидат биологических наук (2004);
Толстова Галина Александровна, научный сотрудник Литературного музея, кандидат филологических наук ( 2007);
Орехова Наталья Алексеевна, научный сотрудник отдела фондов, кандидат исторических наук (2007).
