Археология
Археология (более 35 тыс. ед. хр.), старейшая коллекция музея. Ведущий археолог страны В.А. Городцов назвал археологическую коллекцию «гордостью и украшением города». Большой вклад в её формирование внесли А.С. Еленев, А.В. Адрианов, Н.К. Ауэрбах, Р.В. Николаев, Н.В. Нащокин, Н.И. Дроздов, Н.П. Макаров, В.И. Привалихин.
К концу ХIХ в. в Приенисейском крае были открыты археологические памятники всех эпох (от палеолита до средних веков). Среди особо ценных комплексов – Ишимский, Косогольский, Новопятницкий и др. Изделия (оружие и высокохудожественные антропоморфные и зооморфные изображения, отлитые из бронзы около 2 тыс. лет назад) наглядно свидетельствуют о взаимопроникновении культур Древнего Востока и Запада на Енисее. Большой Салбыкский курган не случайно называют грандиозной пирамидой Хакасии. При раскопках на Часовенной горе были найдены золотые серьги, серебряный ковш, кубок, ваза, посеребрянное седло и стремена.
Афонтова гора и её международное значение (открытие палеолита на Енисее). На Международном антропологическом конгрессе (Москва, 1892) И.Т. Савенков, обнаруживший стоянку древнего человека в 1884 г., представил свои находки научному сообществу. Находки были аналогичны находкам во французском местечке Мадлен. Французский археолог барон де Бай, участник конгресса, писал: «При первом обзоре выставки конгресса в Москве одна витрина привлекла моё внимание, а после серьёзного ознакомления с ней привела меня в изумление. Я тогда же решил доложить французской Академии о фактах, которые по свой новизне и научной важности заслуживают её особого внимания. Дело идёт об открытиях, которые составили центральное событие конгресса... Савенков, ревностный археолог, живущий в самом центре Сибири уже 21 год, приехал, чтобы продемонстрировать московскому конгрессу археологическую коллекцию, которая представляет настоящее открытие. Он обследовал область, до сих пор неизвестную, и наука ему обязана открытием в бассейне Енисея существования в Сибири палеонтологического человека. Это научное завоевание заслуживает особого внимания, потому что до настоящего времени можно было предполагать, что Сибирь, как и Швеция, в эпоху мамонта и последующих геологических формаций не была обитаема человеком. И наш долг выразить признательность учёного мира тому, кто ценою стольких трудов открыл следы первого человека в Северной Азии, чья скромность была велика, как велики его научные заслуги…».
Французский археолог дважды (1896, 1897) приезжал в Красноярск, чтобы убедиться в древностях Афонтовой горы, познакомиться с коллекциями музея, а также с другими стоянками древнего человека. Собранный археологический материал, в т.ч. и с Афонтовой горы, он выставлял в музее Естественной истории в Париже.
В 1920-е годы изучение Афонтовой горы продолжили сотрудники музея Н.К. Ауэрбах, Г.П. Сосновский, В.П. Громов, Г. Мергарт. В 1937 г. члену французской делегации Фроможье, прибывшему в Красноярск с другими делегатами после Международного антропологического конгресса в Москве, удалось обнаружить крупные фрагменты черепа человека в обнажениях Афонтовой горы. Значение Афонтовой горы актуально и сегодня.